Ook maakte Verhees naam als waterbouwkundige, belangrijk in een gebied waar overstromingen veel voorkwamen. In 1785 won hij de gouden medaille bij een prijsvraag van het Bataafs Genootschap over de vraag: Zijn er hinderpaalen tegen den aanleg van een kanaal tussen ’s-Hertogenbosch en Maastricht of Luik, en zo neen, wat is dan het beste plan?

Hoewel zijn plannen nooit gerealiseerd zijn, waren ze wel een aanzet tot de latere realisering van de Zuid-Willemsvaart (1822-1826). Voor die tijd richtte men zich echter op een andere mogelijkheid: het bevaarbaar maken van de rivier de Aa. Als eerste directeur van de provinciale waterstaat was Verhees hier van 1803 tot 1810 bij betrokken. Het was de enige klus die hij in loondienst zou uitvoeren.